独自ドメイン取得業者の多くは代行業者なんです！

代行業者とはレジストラ（正規のドメイン取得業者）と契約して、独自ドメインの登録申請を代理で受け付けている事業者の事です。

日本国内で利用者の多いリンククラブやムームードメインも実際には代行業者です。

独自ドメイン取得にあたって代行業者は契約関係にあるレジストラへの取り次ぎを行い、登録申請はそのままレジストラに引き継がれます。このような関係上、独自ドメイン取得に代行業者を選択しても最終的にはレジストラを利用することになります。

デメリットがあるとすると、独自ドメインの取得までの時間や取得後のドメイン登録情報の更新時に、レジストラと比べると若干遅れる点です。これは取り次ぎを行っている関係上、レジストラを経由してレジストリ（ドメイン管理機関）が管理するデータベースへのアップデートまでにタイムラグが生じてしまうからです。

しかし他にはデメリットになるような点はありません。むしろ毎年の独自ドメイン更新料金のことを考えるなら代行業者を選んだ方がいいでしょう。

レジストラに比べると代行業者の方が圧倒的に多いので競争が激しい分、料金的な安さを売りにしている業者が多いからです。

ちなみに代行業者で独自ドメインを取得した場合、ドメイン取得後のドメイン管理業者は代行業者になります。代行業者と契約関係にあるレジストラではありません！
この為に以降のドメイン登録情報の変更依頼やドメイン更新料金の支払いなど、利用者の直接の窓口は引き続き代行業者になります。

▼独自ドメイン取得サービス国内2強
リンククラブ .com .net .info 770円/年
ムームードメイン .com .net .info 950円/年